本處設營運管理課、運輸工程課、運輸稽查課及秘書室，分別掌理下列事項：
| 課室 | 業務職掌 |
|---|---|
| 營運管理課 | 本市公車、捷運公車系統、計程車、船舶之規劃、營運管理及運價初審、車輛動員業務協調及其他一般運輸業務協調等事項。 |
| 運輸工程課 | 公共運輸場站及附屬設施與建築結構之土木工程、機電系統工程規劃、設計、審核、發包與施工；智慧型候車設施及附屬設施、公車運輸系統之規劃、建置、管理及資訊整合分析等事項。 |
| 運輸稽查課 | 公共運輸業行車業務稽查、行車事故統計分析、服務指標評鑑及獎懲核定、違反運輸相關法規裁罰及訴願等有關事項。 |
| 秘書室 | 研考、企劃、文書、檔案管理、法制、印信、庶務、出納、財產管理、採購、發包、資訊業務、公共關係、新聞聯繫及不屬其他各課事項。 |
