綜合規劃課
先進運輸系統(捷運)路線可行性研究案及綜合規劃案推動，包含場站規劃、公共運輸系統整合、營運規劃、財務規劃、環境影響評估、都市計畫變更作業，其他主管機關交辦事項。
工程管理課
先進運輸系統(捷運)路線可行性研究案及綜合規劃案推動，包含路線及其他附屬建築之土木工程、結構工程、景觀設計、機電及車輛號誌技術；人力規劃、培訓及其他主管機關交辦事項。
